Funeducar ofrece acompañamiento para facilitar los procesos de enseñanza-aprendizaje para el desarrollo educativo. Los maestros de los colegios cristianos son instruidos para desarrollar habilidades con el fin de lograr que en cada una de las asignaturas del currículo se descubra el propósito de Dios al haberlas creado y como lo aplican en su quehacer pedagógico escolar en general, dentro y fuera del aula. De la misma manera ofrece acompañamiento para el personal administrativo. Para llevar adelante esta misión, Funeducar se apoya en la oferta de ministerios afines que ofrecen certificación en Cosmovisión Bíblica; Integración Bíblica en el Currículo;, Principios Bíblicos y Cristocéntricos de la Educación, la Familia y el Gobierno; Evangelismo y Discipulado de Infantes de niños y niñas.